Inżynieria genetyczna, inne spojrzenie

Co ma wspólnego komórka i komputer? Ano moim zdaniem maja coś coś determinuje nie tylko ich działanie jak i cykl życia tzn. KOD. W przypadku komputera binarny, w przypadku biologicznej komórki DNA uzyskiwane z jądra takiej komórki..
Idźmy dalej bodajże w roku 2007 ogłoszono szumnie rozszyfrowanie genomu człowieka, tak wszystkie geny zostały oznaczone, nie rozpoznane, ale oznaczone. I teraz jeżeli poszukujemy leku na raka (wiem to takie przyziemne) wystarczy zbadać dana komórkę rakową, uzyskać jej DNA i skorelować ten wynik z Genomem człowieka. Co uzyskamy, ano model matematyczny genów które powodują tego przysłowiowego raka. Dzięki temu inteligentnie można będzie namierzyć dane komórki rakowe w organizmie chorego i unicestwić jakaś substancja, niestety chemikiem już nie zostanę. Proste nie bardzo, na chwile obecna inżynieria genetyczna zajmuje się wpływem na geny. Różnego rodzaju mutacjami co nie brzmi za dobrze na poziomie etycznym. Paradoksalnie do budowy modelu matematycznego wykorzystałbym algorytmy genetyczne (problem komiwojażera w dystrybucji leków do tkanek i organów).

Witam po prawie roku

Dzień dobry!

Czas płynie, blog zniknął z pola widzenia internautów. Jednakże po pewnych przemyśleniach
postanowilem go reaktywować. Zmieni się trochę profil działności, model będzie bardziej dostępny dla zwykłego śmiertelnika.
Zafascynowany blogiem https://404.g-net.pl/ postanowiłem stworzyć coś podobnego, linux dla inzyniera czy programisty…to be proper

Pozdrawiam,

Maciej

Komputer kwantowy, mrzonka czy nadzieja dla przyszlości

Mechanika kwantowa spędza sen z powiek nie jednenu badaczowi, co gdyby szaloną XX wieczną teorie wykorzystać w budowie komputera.

Czy komputer kwantowy wyprze stosowana dziś technologie? Moim zdaniem na obecnym etapie rozwoju cywilizacyjnego, nie. Ewentualnie pozwoli podejsc do problemow w inny sposob niż wrzechobeny 0/1 komputer o architekturze von Neumanna. Jest nadzieja dla problemów NP-trudnych i NP-zupełnych zwanych także, przez niektórych, problemami milenijnymi.

W okolicach 2010 roku pojawił sie komputer „kwantowy”, potrafiacy liczyć coraz to wieksza ilość qubitów (stan kwantowy). Komputer ten wyprzedza obecne konstrukcje najwiekszej firmy komputerowej świata, która też probóje swych sił w konstrukcji kwantowej. Problemem w/w konstrukcji jest duża ilość błędów w obliczeniach, moim zdaniem spowodowane jest to brakiem interpolacji kwantowej.

Można by zastosować krzywe, lecz moja wiedza na temat komputerów działajacych na wektorach lub krzywych jest w dużej mierze ograniczona (niedostępna). Przez ostatni okres czasu dowiedziałem że komputer wektorowy służy do przeszukiwania dużej ilości danych np. w procesie rozpoznawania twarzy czy odcisków palców, służą do tego celu specjalne algorytmy geometryczne.

Problem „kwantowości” można rozpatrywać na wiele wymiarów (sposobów), gdzie nośnikiem informacji jest elektron, foton czy quark.

Prędkość światła nie jest czymś nowym, ale potrzebnym medium do wyolbrzymienia „szybkosci” działania komputera. Niektórzy badacze widzą nadzieje w fotonie jako nosinku informacji [holografia], foton ma tą dobrą właściwość ze „szybko” znika, co wykorzystane jest w kryptografii kwantowej (światłowód).

Jednakże, trzeba zdać sobie sprawe ze napięcie (prąd), także ma prędkość porównywalną do predkości światła i te 70 lat badań nad tranzystorem także przynosi współmierne efekty. Rozwój elektroniki, ciągla minatiuryzacja powoduje przełamywanie kolejnych barier.

Haiku instalacja, użytkowanie [nieaktualne]

Od jakiegoś czasu interesowałem się systemem operacyjnym HaikuOS jest to nieoficjalna kontynuacją BeOS’a, projektu, który to został porzucony i zamknięty z różnych względów.

HaikuOS jest próbą odtworzenia systemu BeOS za pomocą RE – inżynierii wstecznej (odwrotnej) [inne źródła podają ze Haiku częściowo powstało na podstawie API z BeBook’a udostępnionego przez firmę spadkobierce BeOS’a] na  oraz dodanie nowych funkcjonalności które powstały w świecie komputerów w ostatnim czasie.

Podstawowym problem początkującego użytkownika jest fakt ze w miarę nową wersje HaikuOS otrzymujemy w postaci tzw. dystrybucji Nigthly. Na stronie haiku-os.org wciąż wisi release alfa-4 który, nijak to obrazuje poziom prac developerów nad tym systemem, a jest sporo nowości, głównie chodzi mi o HaikuDepot obsługujący tzw. Package Manager’a, dzięki któremu mamy dostęp do większej ilości oprogramowania.

UWAGA: Nie ma żadnych gwarancji że Nightly, nie uszkodzi ci komputera, robisz to na własną odpowiedzialność. Ten artykuł dedykowany jest dla średnio zaawansowanych użytkowników PCów, więc jeżeli nie jesteś pewien co robisz poproś kogoś z większym doświadczaniem o pomoc lub zrezygnuj z instalacji Haiku.  

hk

System przeznaczony jest na domowe pecety czyli architekturę X86 istnieje też jego wersja X86_64, jednakże nie jest zalecane korzystanie z takiego systemu gdyż tzw. user space dla aplikacji 32 bitowych jeszcze nie powstał i powoduje to dodatkowe atrakcje w postaci błędów i wywalania się systemu.

Doświadczyć użytkowania systemu można na 3 sposoby:

  • uruchomienie z pen drive, karty SD, ewentualnie płyty CD
  • instalacja systemu na HDD wraz z boot managerem np. obok innego systemu
  • uruchomienie systemu z Wirtualnej Maszyny np. VirtualBoxem (zalecane)

Pierwszym krokiem instalacji HaikuOS jest ściągniecie odpowiedniego pliku image Nightly z systemem najlepiej bezpośrednio spod adresu

→ http://download.haiku-os.org/nightly-images/x86_gcc2_hybrid/

klikając jak najwyższa wersje hrev. Mamy do wyboru Anyboot, Raw, ISO i teraz w zależności co chcemy osiągnąć czy wgrać obraz na kartę SD lub Pen drive (anyboot) czy też płytę CD-R lub potrzebujemy plik do Virtualboxa (iso).

nightly

Tutaj trzeba wspomnieć ze HaikuOS występuje w dwóch podstawowych gałęziach kompilacji GCC2 i GCC4. Pierwsza jest w 99% zgodna z BeOS powinny na niej działać programy z tego systemu. Druga jest nowoczesna skompilowana nową wersja kompilatora GCC, dzięki czemu możemy portować niektóre nowe programy z innych systemów operacyjnych ale o tym później.

Natomiast wersja zalecana Hybrid posiada biblioteki z wersji GCC4, które w dużym stopniu pomagają w uruchomieniu nowszych programów.

Mając już ściągnięty plik z systemem, należy go rozpakować, czasami zmienić nazwę pliku na bardziej przystępną, następnie wgrać go na Pen Drive lub kartę SD, plik anyboot przy pomocy programu Win32Diskimager (https://sourceforge.net/projects/win32diskimager/) lub Rufus (https://rufus.akeo.ie/) dla Windows.

W przypadku Linux’a należy posłużyć się programem CD/DVD Creator (narzędzie zapisu dysków na rysunku 3) dla nowszych Linuxów lub DD z linii poleceń (Bash) dla starszych systemów i tutaj należy posiadać plik z systemem w wersji RAW (zaawansowane).

npd

Natomiast jeżeli jest to ISO należy wypalić płytę CD-R przy pomocy dostępnych programów np. Nero, InfraRecorder (http://infrarecorder.org/) dla Windows, CD/DVD Creator, Brasero (Linux).

W przypadku VirtualBox’a lub innego narzędzia do wirtualizacji, po prostu wybieramy plik ISO, wkładając go do napędu w Vbox’ie. Temat obsługi VBox jest materiałem na inny artykuł.

Jeżeli wszystko dobrze zrobiliśmy, dajemy uruchom ponownie, nie zapominamy przestawić priorytetu bootowania pierwszego urządzenia w BIOS’ie na USB czy Cd-rom, ewentualnie przez boot managera przyciskając F-12 lub Esc wybieramy odpowiednie urządzenie.

Powinien nam się ukazać ekran startowy Haiku OS (Rysunek 1), jeżeli chcemy wejść do zaawansowanych opcji bootowania systemu trzymamy spacje (tylko dla zaawansowanych użytkowników).

hbl

UWAGA: Jeżeli system się nie uruchamia widzimy tzw. KDL z błędami oznacza to ze na twoim sprzęcie nie będzie Haiku chodził, można pokusić się o ustawienie dodatkowych opcji bootowania łącznie z logowaniem na ekranie lub do pliku to w zaawansowanych opcjach bootowania.

Obecnie HaikuOS wpiera jedynie karty graficzne firmy ATI i Intel, reszta kart jest obsługiwana (oprócz niektórych staroci 😉) w trybie VESA, ten tryb nie jest taki zły pozwala uzyskać dużą rozdzielczość

Po ekranie bootowania, powinniśmy wybrać jeszcze język w jakim chcemy działać w Haiku i naszym oczom powinien się pojawić pulpit.

pulpitNastępnie możemy uruchamiać programy z menu, klikając prawym przyciskiem myszy na liść. Menu przedstawia się następująco:

menu_1

menu_2Nas na chwile obecną interesuje program HaikuDepot, gdzie znajduje się większa ilość programów. Wybieramy:

Apilikacje -> HaikuDepot

Naszym oczom powinien ukazać się obraz jak na poniższym rysunku:

depotUWAGA: Może się zdarzyć ze okno HaikuDepot będzie puste oznacza to, że mamy problem z połączeniem sieciowym (brak Internetu). W przypadku Vbox’a najlepiej wybrać kartę  Intel PRO 1000 podczas konfiguracji wirtualnej maszyny. W przypadku posiadania sieci WIFI należy dodatkowo wpisać hasło i nazwę sieci, o co Haiku pyta automatycznie przy starcie systemu lub należny wejść do ustawień sieci (Preferencje -> Network) i ręcznie wszystko ustawić.

Jeżeli wszystko pomyślnie zrobiliśmy powinniśmy się cieszyć większa ilością programów dla systemu HaikuOS. Po zainstalowaniu nowe programy pojawia się w menu Aplikacje.

Hologramy – teraźniejszość, przyszłość

Definicja hologramu nie powinna wydawać się trudna i rozległa, wszakże jest to światło nad którym mamy kontrole, jednakże tak trywialne to nie jest, przez dziesięciolecia inwencja twórcza wynalazców nie miała granic i słowo klucz Hologram pobudza wyobraźnie niejednego z naukowców czy też pasjonatów, zwłaszcza nowych technologii. Od prostego obrazu księżniczki w wiadomym filmie wołającej o pomoc, do kwantowego komputera holograficznego droga jest długa i kręta. Hologram być może stanie się częścią naszej POP kultury. Wertując na wszystkie sposoby internet napotkałem na rożnego rodzaju materiały na ten temat opisujące nawet biologie, od aminokwasów (białek) przewodzących światło, poprzez rzeczywistość rozszerzoną, aż po futurystyczna konsole „do gier”, gdzie TV będzie zastąpiony światem holograficznym, ale od początku.

Holografia na dużym ekranie jest tylko „wielką sztuczką” czy wspomniana księżniczka, czy mapy nieba w statku obcych w wiadomym filmie, komputerowa fikcja, w tym miejscu należy zadać sobie pytanie czy taka holograficzna rewolucja (ewolucja) jest możliwa, czy Hologram trafi pod strzechy? To jest trudne pytanie. Światło po prostu jest, prędkość światła coś nie wyobrażalnie szybkiego jest jest już wykorzystywane choćby w fiber optic czyli światłowodach.

Holografia poszła w dwóch ogólnych kierunkach, z jednej strony materiały np.  wspominany wyżej fiber optic, z drugiej wizualizacje bardziej widowiskowe te dwie dziedziny łączy jedno światło.

IoT – standard 6loWPAN – Wstęp do technologii

Świat mknie do przodu, w tym artykule chciałem przybliżyć czytelnikom bezprzewodową technologie porozumiewania się między „rzeczami”- Internet rzeczy? – to tak śmiesznie brzmi, czy rzeczą można nazwać lodówkę, pralkę, roletę okienną czy nawet pojedynczą żarówkę, wszystkie gwiazdy na niebie wskazują że TAK!

nieoficjalne logo 6lowpan

6loWPAN, nie jest rzeczą nową, sama koncepcja bezprzewodowej sieci połączeń (nodów) została opracowana dużo wcześniej. Pod koniec XX wieku WSN, bo tak ogólnikowo nazywa się ta sieć (ang. Wireless Sensor Network) co oznacza po polsku Bezprzewodową sieć sensorową. Sieć ta jest oparta o urządzenia małej mocy obliczeniowej, o ograniczonych możliwościach, o zasilaniu bateryjnym. Z reguły wyposażona jest w szereg sensorów umożliwiających zbieranie danych o otoczeniu. Urządzenia te często zbudowane są tak, że można je wzbogacać o różne czujniki podłączając całe moduły sensorowe, które mogą mierzyć np. temperaturę, ciśnienie, stan poziomu wody w rzece, obraz z kamer przemysłowych itp. Technologia ta staje się coraz powszechniejsza np. w monitorowaniu ruchu ulicznego, opiece medycznej. Bezprzewodową sieć sensorową można przedstawić jako sieć powiązanych ze sobą elementów. Informacje są zbierane przez węzły czujników, które są zgrupowane w pola sensorowe. Węzły mogą komunikować się ze sobą na kilka różnych sposobów. Ale wracając do tematu 6loWPAN, w roku 2007 opublikowano pierwszy dokument dotyczący tej technologii (RFC 4944) samo wyrażenie 6loWPAN to akronim angielskiego wyrażenia IPv6 over Low power Wireless Personal Area Networks czyli niskonapięciowy protokół sieci bezprzewodowej PAN (ang. Personal Area Network), sieć PAN zazwyczaj ogranicza się do jednego budynku (biura, pokoju), technologia oparta jest o protokół IPv6 czyli Internet w wersji 6 (obecnie w Polsce rozpowszechniony jest w wersji 4), na chwile obecna (2016) ok. 16% światowego internetu jest oparta o internet w wersji 6.

Tak wszystko pięknie, ale jak to działa od strony technicznej czy są jakieś standardy, a i owszem pierwszym i najbardziej naturalnym jest standard IEEE 802.15.4, natomiast drugim i to jest novum, które może znacząco przyczynić się do rozwoju „Internetu rzeczy” jest Bluetooth 4.2 LE (obecnie wkracza już wersja 5).

Standard sieci radiowych pozwala na tworzenie małych sieci bezprzewodowych mutacji PAN (ang. Personal Area Network) o topologi siatki (mesh), gwiazdy, gwiazdy rozszerzonej (drzewa). Taka osobista sieć bezprzewodowa otwiera możliwości budowy systemów pomiarowo-sterujacych o nowych właściwościach. Warstwa fizyczna standardu IEEE 802.15.4 odpowiedzialna jest za następujące funkcje:

  • transmisje i odbiór danych aktywacje i dezaktywacje nadajnika i odbiornika;
  • wybór kanału transmisyjnego
  • detekcję sygnału w bieżącym kanale (Energy Detection);
  • analizę stanu łącza na podstawie odebranych pakietów (Link Quality Indicator);
  • ustalenie zajętości bądź dostępności kanału transmisyjnego (Clear Chanel Assessment);

Inne cechy:

  • wysoka niezawodność uzyskana dzięki zastosowaniu potwierdzania odbioru;
  • mechanizmy zapewniające integralność oraz poufność transmisji (kodowanie AES);
  • transmisja z rozpraszaniem widma metoda sekwencji bezpośredniej;
  • łączność oparta na priorytetach;

Za niepisanych „ojców” tej technologi uważa się Zach’a Shelby’go oraz Carsten’a Bormann’a.